أهم الفروقات بين طالب دكتوراه الأجير وطالب دكتوراه غير الأجير من ناحية الحقوق والواجبات:
1- منحة الدكتوراه: هي حق لطالب الدكتوراه غير الأجير بإعتباره بدون دخل. اما طالب دكتوراه الأجير لن يستفيد منها.
2- منحة التكوين الاقامي بالخارج وتحسين المستوى بالخارج: يستفيد منها طالب دكتوراه غير الأجير طبعا في حالة توفر بعض الشروط القانونية. اما طالب دكتوراه الأجير لن يستفيد منها لأن تكوينه هو على عاتق الهيئة المستخدمة. بمعنى هاته المنح تقدم في جميع القطاعات العمومية.
3- المشاركة في التظاهرات العلمية: يستفيد منها طالب دكتوراه سواء الأجير أو غير الأجير. الفرق الوحيد ان طالب دكتوراه الأجير يشترط عليه تقديم ترخيص من الهيئة المستخدمة. طبعا المقصود هنا بالتظاهرات التي لديها علاقة بموضوع الاطروحة حيث تتكفل مؤسسة التسجيل بكافة المصاريف سواء لطالب دكتوراه الأجير أو غير الأجير.
4- طباعة الاطروحة: تتكفل مؤسسة التسجيل بطباعة الاطروحة بعدد النسخ المطلوبة في ملف المناقشة لطالب دكتوراه غير الاجير فقط باعتباره بدون دخل. ولا يستفيد من هاته الميزة طالب دكتوراه الأجير.
5- الساعات الاضافية الاجبارية: هي مفروضة على طالب الدكتوراه غير الأجير فقط وتعتبر جزء من التكوين. اما طالب دكتوراه الأجير لا تشترط عليه لان تكوينه يكون في الهيئة المستخدمة.
6- الساعات الاضافية الاختيارية: هي حق كلاهما سواء طالب دكتوراه الأجير أو غير الأجير. بالنسبة الاول مطالب بتقديم شهادة عدم العمل او شهادة عدم الانتساب للضمان الاجتماعي ويدرسه بصفته حامل شهادة. اما الثاني مطالب بتقديم شهادة العمل + رخصة الهيئة المستخدمة بصفته عون عمومي.
7- المشاركة في مسابقة التوظيف: هي حق لكلاهما بعد المناقشة. فقط دكتور غير اجير مطالب بتقديم شهادة عدم العمل اما دكتور الأجير مطالب بتقديم ترخيص الهيئة المستخدمة + وعد بالاستقالة.
8- رخص استثنائية: هي من حق طالب دكتوراه الأجير حيث يستفيد من تكييف حجمه الساعي الاسبوعي اذا كان استاذ باحث. تخفيض الحجم الساعي اذا كان باحث دائم. وتخفيض ساعات العمل اذا كان موظف في قطاع عام. وكذلك حالة الاستيداع. طالب دكتوراه غير الاجير لن يستفيد من هاته الرخص وهذا بديهي باعتباره غير موظف.